A história desta Instituição teve início em 8 de dezembro de 1941, quando o professor Pedro Clarismundo Fornari, juntamente com um grupo de professores, propôs a criação das Escolas Padre Anchieta. Em 1942, teve início o funcionamento da escola com os cursos Propedêutico (Ginásio Comercial) e Contador (Técnico de Contabilidade).

Desde seu início, a Instituição semeou a cultura da qualidade e por isso cresceu colhendo uma história de seriedade, solidez, excelência e credibilidade perante as comunidades local e regional, bem como diante dos órgãos competentes, reguladores do ensino no estado e no país. Apoiada nessas bases, sempre acompanhando o crescimento de Jundiaí e atendendo às necessidades de sua população, a instituição implementou, gradativamente, cursos em todos os níveis de ensino, tendo educando diversas gerações da cidade e da região ao longo de seus 65 anos de atividade.

Na Educação Infantil e no Ensino Fundamental as Escolas Padre Anchieta vêm trabalhando com o reconhecido e respeitado Sistema Positivo de Ensino, que objetiva a formação integral do aluno. No ensino médio regular, dispõem de uma estrutura didático-pedagógica elaborada de acordo com os Parâmetros Curriculares Nacionais e que fornece aos alunos sólida formação, necessária ao prosseguimento dos estudos em cursos de ensino superior. No ensino técnico e profissional, as Escolas Padre Anchieta se tornaram grande formadora de profissionais técnicos especializados para exercer funções na própria região, em diversas áreas.

Com a constante preocupação de bem atender a população, em 1966 a instituição inaugurou a oferta de ensino superior na cidade de Jundiaí, com a Faculdade de Ciências Econômicas, Contábeis e de Administração de Empresas. Outras Faculdades logo se seguiram: a de Educação, em 1968; a de Direito, em 1969; a de Ciências e Letras, em 1973; a de Psicologia, em 1987; e a de Tecnologia, em 1988.

Dada a demanda crescente por profissionais das mais diversas áreas, a instituição traçou ações para um percurso que a fizesse ascender ao status de Centro Universitário, garantindo-lhe maior autonomia no processo de abertura de cursos, o que se concretizou no ano de 2004. Já no ano seguinte foi implementada a Faculdade de Ciências da Saúde e foi ampliada a oferta de cursos de formação tecnológica. A história do Centro Universitário Padre Anchieta vem, assim, complementar a trajetória de sucesso das Escolas Padre Anchieta e consolidar sua vocação para o ensino.

Atualmente, a instituição oferece 32 cursos de graduação (licenciaturas, bacharelados e tecnólogos) e vinte cursos de pós-graduação lato sensu - alguns implantados ainda no início da década de 80 – que primam pela qualidade científica e acadêmica e estão direcionados para atender às necessidades de aperfeiçoamento e desenvolvimento de profissionais das mais diversas áreas de conhecimento.

Nos diversos cursos há projetos específicos de pesquisa e extensão: na área educacional, projetos ligados aos cursos de Pedagogia, Ciências e Letras, que discutem alternativas e melhorias do ensino, além de beneficiarem a comunidade com aulas de reforço para os alunos das escolas públicas do município de Jundiaí; na área jurídica, a Faculdade de Direito mantém o Núcleo de Prática Jurídica, em convênio com o Poder Judiciário e a Prefeitura do Município de Jundiaí, oferecendo assistência jurídica gratuita à população carente, realizada pelos alunos que atuam também nas atividades conciliadoras do Juizado de Pequenas Causas. Na área de Psicologia, em concomitância com a área de Educação, há projetos de Psicologia Aplicada que propiciam, além da realização dos estágios supervisionados, o atendimento Psicológico e Psicopedagógico à população carente de Jundiaí e região, mantendo por volta de cem convênios de cooperação e extensão, a serviço da comunidade.
Em dezembro de 2007, a Faculdade Padre Anchieta de Cajamar teve o seu funcionamento aprovado, por voto unânime, pela Câmara de Educação Superior do Conselho Nacional de Educação, principal instância do MEC. Em sessão deliberativa, os conselheiros da Câmara de Educação Superior estabeleceram que a Faculdade Padre Anchieta de Cajamar atende a 100% dos quesitos técnicos e pedagógicos consagrados. Em 2008, serão cinco cursos de graduação, dois em nível de bacharelado e três em nível tecnológico, os quais serão oferecidos em campus universitário próprio, construído numa área de 20.000 m2, muito bem localizada e de fácil acesso
Desde a sua criação, a instituição reflete a busca pela excelência em suas atividades, que se desdobram em ações de responsabilidade social, bem como o compromisso com o desenvolvimento da comunidade regional, visando o progresso sociocultural, o que tem contribuído significativamente para o progresso de Jundiaí e região.